厦深铁路起于厦门北站，终到深圳北站，其中厦门北站至漳州站与龙厦铁路共线共站。全线共设车站20个，其中客运站18个。从北到南依次为厦门北站、前场站、角美站、漳州站、洋奎站（预留）、漳浦站、云霄站、诏安站、饶平站、潮汕站、潮阳站、普宁站、葵潭站、陆丰站、汕尾站、鲘门站、惠东站、惠州南站、深圳坪山站、深圳北站 。 厦门北站
厦门北站位于厦门集美区后溪镇岩内村，是国家铁路网规划中“四纵四横”沿海快速铁路的一个重要客运站，福厦、厦深及龙厦铁路在此交会，使其成为东南沿海最大的综合交通枢纽之一。厦门北站还将建有长途客运站、城市轨道交通（地铁）、城市快速公交BRT、公交车站及出租车停车场、社会车辆停车场、主要人流集疏广场等配套设施，并与周边的沈海高速公路、厦安高速公路、厦沙高速公路、厦蓉高速公路等对接，真正实现“零距离换乘”。
厦门北站建设面积109028平方米，总建筑面积16.2万平方米，建筑总高度66.78米。站房高架候车厅跨度132米，长度220米，最高每小时聚集人数5000人，采用无站台柱雨棚。站房布局采用“上进下出”格局，分为站层、站台层、高架层三个层面。厦门北站建有约1万平方米的主候车室、约1500平方米的团体候车室、约1500平方米的无障碍及母婴候车室。站台规模6台12线，其中正线2条，到发线10条，站台面10个。预测到2018年旅客发送量达600万人次，开行旅客列车64对；2030年旅客发送量达1100万人次，开行旅客列车93对。
厦门北站于2010年4月26日随福厦铁路一并开通运营。2013年12月28日，厦深铁路首发动车组开通。
漳州站
漳州站位于福建龙海市颜厝镇洪塘村，距漳州市区约3公里。漳州站是福建省重要的铁路枢纽，厦深铁路、龙厦铁路在此交汇。现为客运一等站，客运办理旅客乘降及行李、包裹托运；货运办理整车、零担货物发到；不办理危险货物发到。隶属南昌铁路局漳州车务段管辖，建设时名称为漳州南站，后更名为漳州站。
漳州站建筑形态灵活借用闽南传统的燕尾脊、深挑檐及骑楼等建筑形式，着力体现闽南地域特色，并用现代的建筑手法进行提炼升华。建筑设计采用三层式上进下出，高架候车与线下出站的布局方式，站房从下到上为出站层、站台层、进站层三层，建筑总高度约45米。站场规模3台14线，旅客站房规模达29800平方米，设计最高每小时聚集人数为4000人。设有基本站台候车厅、母婴候车及军人、团体候车厅，候车厅分为南北两个，中间部分开敞、明亮、通透。进站广厅内设售票厅、咨询台、商业服务等窗口。贵宾候车设于站房北部，单独出入口，配备专用停车场。进站层主要是候车厅和服务区，站台上方为进站天桥。出站层设置地下出站厅、售票厅和行包用房。靠近站房处设有出租车及公交车停车场，在站场投影范围以外设有地下停车场，供市民停车。
漳州站于2009年开工，2012年6月30日随龙厦铁路一同开通运营，2014年增开始发/终到动车组列车。
潮汕站
潮汕站位于潮州市潮安区沙溪镇，是厦深铁路沿线大站之一，地处潮汕三市的地理中心，距离潮州市区约12公里，距揭阳市区约25公里，距汕头市区约28公里，距揭阳潮汕机场约10公里。潮州市的潮汕站是厦深铁路沿线主要大型客运站，为客运一等站。客运办理旅客乘降及行李、包裹托运；货运办理专用线、专用铁道整车货物发到及整车路用货物发到。
潮汕站站房综合楼主体为地上一层，建筑面积10132.1平方米，最高每小时聚集人数2000人。采用双站房布局，其中主站房面积7000平方米，位于潮州方向；次站房面积3000平方米，位于汕头方向。南北站房通过旅客地道连通，两侧站房均设有候车大厅和售票厅，旅客可在南北两侧同时上车。潮汕站采用了具有浓郁的潮汕地方特色的斜屋面、虎头墙内湖等设计元素。其中北站房候车厅屋面结构采用钢网架，立面装饰主要采用花岗石石材幕墙和玻璃幕墙，外观厚重朴实。站台规模4站台10线，正线及到发线共10条，并设有有站台雨篷，建筑面积达到22930平方米 。
潮汕站还是厦深铁路汕头联络线的接轨站以及广梅汕铁路扩能改造工程的接轨站，将与周边高等级公路以及揭阳潮汕国际机场一并形成潮汕地区和梅州地区等的区域性综合交通枢纽。潮州市潮汕站临时汽车客运站也已于2015年1月25日启用 。
潮汕站已于2013年12月28日随厦深铁路一同开通运营。潮汕站的对接交通配套比较完善，开通了往潮汕地区各县市专线班车和公交车共14条运营线路，旅客换乘比较方便。
汕尾站
汕尾站位于汕尾市城区东冲镇北部（241省道汕可公路）。汕尾站是厦深铁路沿线的主要客运站之一，设有客运站和货运站。客运站站房建筑面积9996平方米，旅客站台雨棚建筑面积16898平方米，最高每小时聚集人数1200人。站场规模2台7线，设基本站台和中间站台各1座，预留中间站台1座，到发线7条，设旅客隧道2座，宽8米；货场设贯通式货物线1条，牵出线1条，加强保养点1个。预计货物到发量2020年121万吨，2030年166万吨。
汕尾站已于2013年12月28日随厦深铁路一同开通运营，未来还将引入广汕铁路、龙汕铁路、深惠汕轻轨。
惠州南站
惠州南站位于惠州市惠阳区淡水街道爱民东路，是是为汕深港铁路（厦深铁路西段）厦深铁路新建车站中规模最大的车站。惠州南站站房建筑面积15000平方米，站房综合楼为两层建筑，其结构独立于车站站台。一楼为候车厅、检票口、售票厅和出站口，二楼为候车厅和一号站台专用的检票口。站台规模3台7线，其中正线2条，到发线5条，站台为两个岛式站台和一个侧式站台，站台面5个。北侧的1号站台连接站房二楼的2号检票口及二楼出站通道。其余2、3、4、5号站台设有多道扶梯、楼梯和电梯通往站台地底的两条人行地道（检票及出站各一条），连接至站房一楼的1号检票口及出站口。售票厅设有8个人工售票窗口及8台自动售票机。
惠州南站已于2013年12月28日随厦深铁路一同开通运营。现已开通对接惠州各地的公交线路12条，交通配套完善，旅客换乘较为方便。
深圳北站
深圳北站位于深圳龙华新区民治街道，距深圳市中心9.3公里，距皇岗口岸12公里。深圳北站是深圳铁路“两主三辅”客运格局中最为核心的车站，也是我国当前建设占地最多、建筑面积最大、接驳功能最为齐全的特大型综合交通枢纽，成为我国铁路新型房站的标志性工程。深圳北站是广深港高速铁路（京港客运专线南段）、深茂高速铁路及厦深铁路交汇点及客运枢纽站，同时也是深圳地铁龙华线（原4号线）、环中线（原5号线）、6号线和深莞城际线的经停车站，并实现了广深港、厦深等国铁与地铁龙华线、环中线、光明线一站换乘，具备优越的通行条件。
整个工程分为三部分：高铁站房、东广场和西广场，总用地面积约65万平方米，采用“上进上出”的人流组织，是中国大陆唯一采用“上进上出”方式的大型火车站。站房分为主站房和无站台柱雨棚两部分，建筑总面积18.2万平方米。其中房屋建筑面积74573平方米，站前平台34146平方米，主体屋面南北侧悬挑4292平方米，无站台柱雨棚68488平方米（钢结构覆盖面积）。主站房屋盖部分东西长413米，南北宽208米，总高43.6米，投影面积约85000平方米。钢结构最大跨度86米，最大悬挑63米，为国内外房建领域最大悬挑，总用钢量约6.5万吨。站房主体为大跨度异型钢结构设计，采用国内外首创的结构体系，屋盖为双向双层不规则截面桁架钢结构，下部为钢管砼柱与钢砼楼板组合梁框架结构。车站分地面站台层、高架夹层、高架候车层、商务预留层共四层。深圳北站建筑结构形式美观、新颖，使用的大量新材料、新工艺在国内尚属首次。设计使用年限房屋结构按50年、耐久性按100年考虑。结构形式为大跨空间结构，结构安全等级一级。抗震设防烈度七度，按八度采取相应抗震措施。基本风压为0.9KN/㎡。车站共设有11个站台20条股道，其中正线2条，到发线18条。站台面20个，其中8号至15号站台为跨境列车专用站台。深圳北站还将开通深圳北-香港西九龙站的跨境城际列车，并将成为广深港高速铁路、武广高速铁路以及杭福深客运专线方向列车的起讫站，预计2020年旅客发送量将达到4450万人次/年。
深圳北站于2007年动工兴建，2011年12月26日正式投入运营。
厦深铁路起于厦门北站，终到深圳北站，其中厦门北站至漳州站与龙厦铁路共线共站。全线共设车站20个，其中客运站18个。从北到南依次为厦门北站、前场站、角美站、漳州站、洋奎站（预留）、漳浦站、云霄站、诏安站、饶平站、潮汕站、潮阳站、普宁站、葵潭站、陆丰站、汕尾站、鲘门站、惠东站、惠州南站、深圳坪山站、深圳北站 。 厦门北站
厦门北站位于厦门集美区后溪镇岩内村，是国家铁路网规划中“四纵四横”沿海快速铁路的一个重要客运站，福厦、厦深及龙厦铁路在此交会，使其成为东南沿海最大的综合交通枢纽之一。厦门北站还将建有长途客运站、城市轨道交通（地铁）、城市快速公交BRT、公交车站及出租车停车场、社会车辆停车场、主要人流集疏广场等配套设施，并与周边的沈海高速公路、厦安高速公路、厦沙高速公路、厦蓉高速公路等对接，真正实现“零距离换乘”。
厦门北站建设面积109028平方米，总建筑面积16.2万平方米，建筑总高度66.78米。站房高架候车厅跨度132米，长度220米，最高每小时聚集人数5000人，采用无站台柱雨棚。站房布局采用“上进下出”格局，分为站层、站台层、高架层三个层面。厦门北站建有约1万平方米的主候车室、约1500平方米的团体候车室、约1500平方米的无障碍及母婴候车室。站台规模6台12线，其中正线2条，到发线10条，站台面10个。预测到2018年旅客发送量达600万人次，开行旅客列车64对；2030年旅客发送量达1100万人次，开行旅客列车93对。
厦门北站于2010年4月26日随福厦铁路一并开通运营。2013年12月28日，厦深铁路首发动车组开通。
漳州站
漳州站位于福建龙海市颜厝镇洪塘村，距漳州市区约3公里。漳州站是福建省重要的铁路枢纽，厦深铁路、龙厦铁路在此交汇。现为客运一等站，客运办理旅客乘降及行李、包裹托运；货运办理整车、零担货物发到；不办理危险货物发到。隶属南昌铁路局漳州车务段管辖，建设时名称为漳州南站，后更名为漳州站。
漳州站建筑形态灵活借用闽南传统的燕尾脊、深挑檐及骑楼等建筑形式，着力体现闽南地域特色，并用现代的建筑手法进行提炼升华。建筑设计采用三层式上进下出，高架候车与线下出站的布局方式，站房从下到上为出站层、站台层、进站层三层，建筑总高度约45米。站场规模3台14线，旅客站房规模达29800平方米，设计最高每小时聚集人数为4000人。设有基本站台候车厅、母婴候车及军人、团体候车厅，候车厅分为南北两个，中间部分开敞、明亮、通透。进站广厅内设售票厅、咨询台、商业服务等窗口。贵宾候车设于站房北部，单独出入口，配备专用停车场。进站层主要是候车厅和服务区，站台上方为进站天桥。出站层设置地下出站厅、售票厅和行包用房。靠近站房处设有出租车及公交车停车场，在站场投影范围以外设有地下停车场，供市民停车。
漳州站于2009年开工，2012年6月30日随龙厦铁路一同开通运营，2014年增开始发/终到动车组列车。
潮汕站
潮汕站位于潮州市潮安区沙溪镇，是厦深铁路沿线大站之一，地处潮汕三市的地理中心，距离潮州市区约12公里，距揭阳市区约25公里，距汕头市区约28公里，距揭阳潮汕机场约10公里。潮州市的潮汕站是厦深铁路沿线主要大型客运站，为客运一等站。客运办理旅客乘降及行李、包裹托运；货运办理专用线、专用铁道整车货物发到及整车路用货物发到。
潮汕站站房综合楼主体为地上一层，建筑面积10132.1平方米，最高每小时聚集人数2000人。采用双站房布局，其中主站房面积7000平方米，位于潮州方向；次站房面积3000平方米，位于汕头方向。南北站房通过旅客地道连通，两侧站房均设有候车大厅和售票厅，旅客可在南北两侧同时上车。潮汕站采用了具有浓郁的潮汕地方特色的斜屋面、虎头墙内湖等设计元素。其中北站房候车厅屋面结构采用钢网架，立面装饰主要采用花岗石石材幕墙和玻璃幕墙，外观厚重朴实。站台规模4站台10线，正线及到发线共10条，并设有有站台雨篷，建筑面积达到22930平方米 。
潮汕站还是厦深铁路汕头联络线的接轨站以及广梅汕铁路扩能改造工程的接轨站，将与周边高等级公路以及揭阳潮汕国际机场一并形成潮汕地区和梅州地区等的区域性综合交通枢纽。潮州市潮汕站临时汽车客运站也已于2015年1月25日启用 。
潮汕站已于2013年12月28日随厦深铁路一同开通运营。潮汕站的对接交通配套比较完善，开通了往潮汕地区各县市专线班车和公交车共14条运营线路，旅客换乘比较方便。
汕尾站
汕尾站位于汕尾市城区东冲镇北部（241省道汕可公路）。汕尾站是厦深铁路沿线的主要客运站之一，设有客运站和货运站。客运站站房建筑面积9996平方米，旅客站台雨棚建筑面积16898平方米，最高每小时聚集人数1200人。站场规模2台7线，设基本站台和中间站台各1座，预留中间站台1座，到发线7条，设旅客隧道2座，宽8米；货场设贯通式货物线1条，牵出线1条，加强保养点1个。预计货物到发量2020年121万吨，2030年166万吨。
汕尾站已于2013年12月28日随厦深铁路一同开通运营，未来还将引入广汕铁路、龙汕铁路、深惠汕轻轨。
惠州南站
惠州南站位于惠州市惠阳区淡水街道爱民东路，是是为汕深港铁路（厦深铁路西段）厦深铁路新建车站中规模最大的车站。惠州南站站房建筑面积15000平方米，站房综合楼为两层建筑，其结构独立于车站站台。一楼为候车厅、检票口、售票厅和出站口，二楼为候车厅和一号站台专用的检票口。站台规模3台7线，其中正线2条，到发线5条，站台为两个岛式站台和一个侧式站台，站台面5个。北侧的1号站台连接站房二楼的2号检票口及二楼出站通道。其余2、3、4、5号站台设有多道扶梯、楼梯和电梯通往站台地底的两条人行地道（检票及出站各一条），连接至站房一楼的1号检票口及出站口。售票厅设有8个人工售票窗口及8台自动售票机。
惠州南站已于2013年12月28日随厦深铁路一同开通运营。现已开通对接惠州各地的公交线路12条，交通配套完善，旅客换乘较为方便。
深圳北站
深圳北站位于深圳龙华新区民治街道，距深圳市中心9.3公里，距皇岗口岸12公里。深圳北站是深圳铁路“两主三辅”客运格局中最为核心的车站，也是我国当前建设占地最多、建筑面积最大、接驳功能最为齐全的特大型综合交通枢纽，成为我国铁路新型房站的标志性工程。深圳北站是广深港高速铁路（京港客运专线南段）、深茂高速铁路及厦深铁路交汇点及客运枢纽站，同时也是深圳地铁龙华线（原4号线）、环中线（原5号线）、6号线和深莞城际线的经停车站，并实现了广深港、厦深等国铁与地铁龙华线、环中线、光明线一站换乘，具备优越的通行条件。
整个工程分为三部分：高铁站房、东广场和西广场，总用地面积约65万平方米，采用“上进上出”的人流组织，是中国大陆唯一采用“上进上出”方式的大型火车站。站房分为主站房和无站台柱雨棚两部分，建筑总面积18.2万平方米。其中房屋建筑面积74573平方米，站前平台34146平方米，主体屋面南北侧悬挑4292平方米，无站台柱雨棚68488平方米（钢结构覆盖面积）。主站房屋盖部分东西长413米，南北宽208米，总高43.6米，投影面积约85000平方米。钢结构最大跨度86米，最大悬挑63米，为国内外房建领域最大悬挑，总用钢量约6.5万吨。站房主体为大跨度异型钢结构设计，采用国内外首创的结构体系，屋盖为双向双层不规则截面桁架钢结构，下部为钢管砼柱与钢砼楼板组合梁框架结构。车站分地面站台层、高架夹层、高架候车层、商务预留层共四层。深圳北站建筑结构形式美观、新颖，使用的大量新材料、新工艺在国内尚属首次。设计使用年限房屋结构按50年、耐久性按100年考虑。结构形式为大跨空间结构，结构安全等级一级。抗震设防烈度七度，按八度采取相应抗震措施。基本风压为0.9KN/㎡。车站共设有11个站台20条股道，其中正线2条，到发线18条。站台面20个，其中8号至15号站台为跨境列车专用站台。深圳北站还将开通深圳北-香港西九龙站的跨境城际列车，并将成为广深港高速铁路、武广高速铁路以及杭福深客运专线方向列车的起讫站，预计2020年旅客发送量将达到4450万人次/年。
深圳北站于2007年动工兴建，2011年12月26日正式投入运营。